В моей системе (Ubuntu 14.04.1 LTS) нужный файл находится по адресу ~/.config/gtk-3.0/bookmarks Старые версии, используемые для сохранения этого в ~/.gtk-bookmarks. Записи - это URI, поэтому пути к файлам должны быть абсолютными и иметь префикс file://.
Итак, другими словами, вы должны получить интеллигентность rubygems, попробуйте sudo apt-get install rubygems-integration