gnome-terminal получает переменные среды, которые другие терминалы не используют

Если разрешения уже настроены таким образом на машине, с которой вы копируете, вы можете попробовать -p. Он сохраняет разрешения. Также вы можете попробовать grsync. Это gui для rsync, который делает некоторые из вариантов более очевидными. Также -o сохраняет владельца.

Надеюсь, что это помогает. Удачи.