Удалить единство-webapps-youtube через synaptic или apt-get. Также, если есть другие интеграции сайтов, которые вы хотите удалить, следуйте одному и тому же методу sudo apt-get remove unity-webapps-<site_name>.
Да, хотя привязанные вручную привязки не выставляют его, вам нужно будет использовать встроенные привязки GObject для этого. К сожалению, пока нет учебника, который их использует.
Для этого вам нужно получить свой IndicateServer и вызвать set_menu на нем. Что принимает параметр Dbusmenu, который вы хотите предоставить. Есть много способов сделать это, но позвольте мне дать вам быстрый псевдокод (поскольку я не владею Python). Надеюсь, кто-то, у кого есть правые привилегии, может помочь.
menuserver = Dbusmenu.Server("/my/unique/path")
root = Dbusmenu.Menuitem()
menuserver.set_root(root)
first = Dbusmenu.Menuitem()
first.property_set("label", "First")
first.connect("item-activated", call_me_on_click)
root.child_append(first)
second = Dbusmenu.Menuitem()
second.property_set("label", "Second")
root.append_child(second)
indicateserver.set_menu(menuserver)
Есть другие свойства, которые можно установить в пунктах меню, чтобы делать что угодно. Вы также можете создавать их из меню GTK, если вам удобнее использовать DbusmenuGtk.parse_menu_structure(). Существует также документация по API для DbusMenu.
Вы всегда можете получить файл рабочего стола для запуска сценария, который вы используете, чтобы выбрать требуемое действие на основе некоторого сохраненного файла или другого показания.