Ответ Брайама в порядке. В простых и коротких словах разница:
Установка из репозиториев с использованием apt-get загрузок готова к использованию пакетов, созданных для Ubuntu.
Это похоже на покупку готового гамбургера от McDonald's по сравнению с покупкой всех ингредиентов из супермаркета и приготовления гамбургеров дома ...
надеюсь, что это даст понять :)