set -n не работает в скрипте оболочки при выполнении с исходным кодом

Это нормально. Рабочий стол на Ubuntu предоставляется Nautilus. Когда вы используете элементы на рабочем столе, вы на самом деле используете nautilus.

Я думаю, что хорошо иметь меню для рабочего стола. Если вы считаете, что на рабочем столе не должно быть меню или меню nautilus, вы должны заменить его на обычном для рабочего стола, вам следует рассмотреть вопрос об ошибке в Unity. http://bugs.launchpad.net/unity