Я не думаю, что я полностью понимаю, что вы имеете в виду. Где работает сервер Ubuntu? На ноутбуке или на рабочем столе? Я думаю, вы хотите установить сервер Ubuntu на ноутбук, правда?
В любом случае, если это так, то да, вы можете скомпилировать с сервера Ubuntu. В большинстве случаев установка пакета build-essential будет устанавливать все необходимое для компиляции приложения на языке c ++. Конечно, вам может потребоваться установить больше библиотек, например. если вы пишете приложение GUI.
Что касается возврата файлов на рабочий стол, почему бы не попробовать использовать sshfs или NFS? Я думаю, ubuntu тоже будет работать, но я не пытался использовать его только в командной строке.