Так вы получаете последнюю версию пакета. Что происходит, так это то, что Eclipse 3.8 является последней версией, доступной в репозиториях, в данном случае - вселенной. Многие программные проекты не поддерживают пакеты для Ubuntu, и вы в конечном итоге полагаетесь на добровольцев для работы. Eclipse является одним из таких случаев и обычно сильно отстает от официального выпуска.
Поскольку Eclipse сам предоставляет автоматические обновления для своих пакетов и интерфейса, вы можете выбрать его вручную.