Я могу управлять файлами на подключенном к MTP устройстве Android с помощью команд gvfs-* (например, gvfs-cp, gvfs-move, ...), которые также упоминаются в следующей статье Википедии: GVfs.
Я написал простую утилиту CLI для синхронизации файлов с / на Android-устройстве: GVfs