Не беспокойтесь о создании каких-либо вспомогательных частей, они просто потребляют пространство. Во время установки создайте только один корневой раздел и установите все там без swap. Вы можете добавлять файлы подкачки по мере необходимости, если они вам действительно нужны (обычно это не так).
Вы пытались использовать инструмент gnome-tweak и отключить файловый менеджер, передающий рабочий стол, как описано в этом решении, к аналогичной проблеме:
Удаление второго / единственного / nautilus bar за gnome 3 верхняя панель