Один из вариантов - переименование исполняемого файла, например:
sudo mv /usr/bin/wine /usr/bin/wine.disabled
или тому подобное. Просто не забудьте удалить это или переименовать его, если вы удалите пакет вина:)
Иногда скрипты configure по-прежнему будут использовать «wine64», если он присутствует (и update-binfmts может быть недостаточно для работы) поэтому вам может понадобиться / захотеть переименовать это.