Поиск в программном центре Ubuntu показывает несколько вариантов GUI:
Transmageddon - очень простой интерфейс для отдельных файлов, поддерживает аудио и видео. OggConvert - перекодировать мультимедиа в открытые форматы. Artista Transcoder - предназначен для транскодирования видео в форматах, распознаваемых портативными игроками (которые вы можете выбрать из списка). Sound Converter - мой любимый для транскодирования mp3 и других аудиофайлов. Принимает целые папки, именно то, что вам нужно!