Самый безопасный вариант - использовать что-то вроде DBAN для безопасного удаления диска и последующей установки с нуля.
Если вы хотите предоставить тот же профиль приложения получателю, вы можете использовать dpkg --get-selections для удалите состояние системного пакета перед очисткой, а затем используйте dpkg --set-selections после переустановки, чтобы сообщить новой системе, что вы хотите, чтобы эти пакеты были установлены. Это позволит вам легко переустановить все приложения, которые вы настроили.
Инструмент aptitude-create-state-bundle также может использоваться для этой цели и, вероятно, предпочтительнее, поскольку он работает на более высоком уровне и может помните, какие пакеты были явно установлены вами.