Я уже задал аналогичный вопрос об изменении всех ассоциаций для Gedit в Sublime Text (другой редактор графического интерфейса).
Это практически то, где вы отвечаете, за исключением использования файла .desktop для Sublime Text , вы добавите один (если он не существует) для Emacs, а затем просто измените все ассоциации на это.