Вы должны использовать фигурные скобки вокруг имени переменной:
sed -f <(sed -e '1,${VAR1}d; 12,$d; x; s/.*/10a/;p; x' ../log/file2.txt ) ../log/file4.txt > ../log/file5.txt
Таким образом, $ будет оценивать VAR1 вместо VAR1d.
Проблема решена. GXNeur был разработчиком проблем. Я удалил его из автозапуска, и после того, как ubuntu перезапустил keybord, отлично работает.