Почему в заданиях Upstart используется `start on runlevel [2345]`?

Вы редактируете /etc/rkhunter.conf

# command line
sudo -e /etc/rkhunter.conf

# graphical
gksu gedit /etc/rkhunter.conf

В разделе WHITELIST_PORTS добавьте свой белый список. В файле конфигурации есть примеры.

# Syntax /full/path/to/binary Protocol:port
# Protocol = TCP / UDP 
# You may use wildcards

PORT_WHITELIST=”/usr/sbin/privoxy TCP:8118″

#for multiple binaries / ports , list them as per the config file
PORT_WHITELIST="/usr/sbin/privoxy /usr/sbin/squid TCP:8118 TCP:3128"

# Alternate
PORT_WHITELIST="* TCP:22 TCP:80 TCP:443 TCP:8080"