Если ваш Linux жалуется, что у него нет mp3-кодека, попробуйте это:
ffmpeg -i inputfile.m4a -acodec libmp3lame -ac 2 -ab 160k outputfile.mp3
Обратите внимание, что параметры -ab принимают биты в секунду, а не килобиты в секунду.