Будет ли вновь установленная программа поверх программы, установленной репозиторием, на обновление?

У меня был Eclipse, установленный из apt-get, но мне нужна версия Mars, поэтому я последовал этому руководству, но я забыл сначала удалить старую версию. Если в репозитории появится новая версия, она вернет обратно версию Eclipse I, установленную в Unity / desktop. В противном случае, если я удалю через apt-get, удалит ли ссылки, которые я создал? Как насчет зависимостей?

Спасибо заранее.