Добавление каталога в PYTHONPATH также приводит к добавлению моего домашнего каталога

Это не так, я могу утверждать, что все наоборот. Вообще, хотя, люди склонны предпочитать инструменты, в которых они лучше. Тип инструментов, которые вы используете, может пригодиться легкости написания программ. Так, например, я могу писать программы на Java просто отлично с помощью vim, но это действительно контрпродуктивно, а не полноценная IDE, например Eclipse или IntelliJ. Джон Скит дал отличный ответ на вопрос: зачем использовать IDE.

Вернемся к исходному вопросу, единственное, что лучше для Linux - программирование на C. Все, что вы можете сделать в Linux, вы также можете сделать в Windows и наоборот (программирование мудрым). Программирование C лучше для Linux по историческим причинам, оно предлагает большой набор инструментов (которые вы можете получить в Windows BTW, но для него гораздо проще настроить Linux). Аналогично, если вы пишете C # и как .NET, то Windows по-видимому, является лучшим выбором по очевидным причинам. Все остальное полностью субъективно, и вы услышите за и против обеих сторон.