(я бы разместил это как комментарий выше, но не имел привилегий.)
То, что интуиция использовать cp вместо mv, была хорошей. Например, если вы используете структуру Laravel 4, CLI ремесленника обнаружит mcrypt.ini в /etc/php5/mods-available/, но сама структура, похоже, ищет его в /etc/php5/conf.d/. Вам нужна копия в обоих местах для работы:
cp -i /etc/php5/conf.d/mcrypt.ini /etc/php5/mods-available/
sudo php5enmod mcrypt
sudo service apache2 restart