У меня возникла такая же проблема с значениями яркости, которые не сохраняются при перезагрузке компьютера после обновления до 13.10.
Раньше я использовал скрипт python для установки желаемой яркости, сценарий был настроен как приложение для запуска. Я получил его откуда-то на этом форуме. Сценарий также больше не работает, поскольку значение gconf больше не похоже на Gnome 3.8.
Я решил свою проблему, установив утилиту xbacklight. Я добавил к моему запуску следующее:
xbacklight -S 20