Он должен быть там в диалоговом окне «Редактировать, настройки»!
И это версия gedit 3.8.3
Об аналогичной проблеме сообщалось на ubuntuforums.org. Проблема, по-видимому, возникла, когда Unity's global menu был удален (через sudo apt-get remove indicator-appmenu). Решение включает использование dconf editor для восстановления пунктов меню или восстановления global menu.