После установки IntelliJ IDEA 2017.2.5 под Ubuntu 17.04 (с иконками Numix) мне пришлось изменить строку StartupWMClass=jetbrains-idea на StartupWMClass=jetbrains-idea-ce в файле .desktop программы, чтобы значок дубликата исчез.
[d1 ] Я предполагаю, что «ce» означает Community Edition, который у меня есть, поэтому я не знаю, почему значение этого свойства в файле .desktop изначально не имело суффикса «ce».