Пакет mysql-server-5.5 еще не настроен

Вы измеряете яблоки и апельсины.

Ваше ядро ​​по-прежнему видит 4 гигабайта оперативной памяти. free возвращает только оперативную память. У вас есть 1 гигабайт оперативной памяти, к которому нельзя получить доступ. Это может произойти из-за нескольких вещей, но я бы предположил, что обновление обновило видеодрайверы и что ваша карта «использует» часть этой ОЗУ.

Возможно, вы захотите проверить, что ваша оперативная память не «помечена как плохой» чем-то вроде BadRam.

Наконец, вы можете посмотреть (хотя я не думаю, что это так) чтобы ядро ​​не отображало ОЗУ нечетным образом.

cat /var/log/dmesg | grep -a 40 "BIOS-provided physical RAM map:"

должен начать работать по этому пути. Хотя вы можете попробовать просто загрузить старшее ядро, если вы сделали обновление и видите.

В основном вам нужно выяснить, где находится недостающая память. Он там, ваша система видит это, он просто сопоставляется с чем-то другим, чем вы привыкли.