Вероятно, он недоступен в основных репозиториях:
apt-cache search flock
ничего не возвращает в системе Ubuntu.
На ubuntu по крайней мере нет необходимости задействовать цикл cron, чтобы видеть новые дополнения (однако вы можете, если это вас беспокоит через sudo service crond restart). Вы можете grep cron /var/log/syslog и посмотреть, была ли ваша команда запущена.