Чтобы вернуть запись настроек в меню редактирования, выполните следующую команду в терминале:
gsettings set org.gnome.settings-daemon.plugins.xsettings overrides '@a{sv} {"Gtk/ShellShowsAppMenu": <int32 0>}'
Проблема возникает из-за того, что Gnome3 помещает пункт меню настроек в верхнее меню.