Если вам удобно использовать командную строку, я настоятельно рекомендую вам взглянуть на ffmpeg, которая является лучшей утилитой для преобразования видео, доступной в linux imo. Он не устанавливается автоматически на Ubuntu, но доступен в стандартных репозиториях.
sudo apt-get install ffmpeg
После того, как вы установили, вы можете использовать команду avconv для выполнения ваших видеоконверсий. Для вас доступно множество вариантов, которые вы можете просмотреть на страницах руководства (man avconv).