Недостаточно
sudo apt-get purge emacs
Вы должны сделать
sudo apt-get purge emacs emacs23
Тогда
locate emacs
не отпускает: -)
Поскольку шаблон, который вы ищете, содержит /, измените разделительный синтаксис команды sed для разделителей. Например, вы можете использовать _, а также использовать группировку шаблонов, чтобы вы могли использовать обратную ссылку в подстановке:
sed -r 's_(<property name="encryptData">)false(</property>)_\1true\2_' /Users/User/Desktop/mirth.cfg
Также всегда рекомендуется делать резервную копию при использовании функции -i:
sed -ri.bak 's_(<property name="encryptData">)false(</property>)_\1true\2_' /Users/User/Desktop/mirth.cfg
Теперь исходный файл будет сохранен как /Users/User/Desktop/mirth.cfg.bak, а измененный файл будет /Users/User/Desktop/mirth.cfg.