Когда вы вызываете это конкретное приложение, попробуйте использовать символически символическую ссылку на вино. Это изменит имя процесса в таблице процессов.
Например, если вы sudo ln -s /usr/bin/skype /usr/local/bin/notskype, а затем вызовите skype с skype, имя запускающего процесса не будет соответствовать «белому» и вы не увидите значок в трее. При запуске с skype по-прежнему будет размещаться значок по-прежнему.
EDIT: концепция работает с такими приложениями, как skype. Но это НЕ работает с Вином. Я оставляю это сейчас, если кто-то сможет адаптировать его к вину.
как насчет:
cd ~/MYDIR
mv DIR* file* DESTINATIONDIR