Я нашел решение с Linux Mint 17.2; вы должны отредактировать файл /home/$user/.config/xfce4/xfce-perchannel-xml/displays.xml.
В нем будут отображаться ваши дисплеи, и вы можете установить их оси X и Y; просто отрегулируйте их, и он будет оставаться каждый раз при перезагрузке.