Уверен, у вас массивный жесткий диск (примерно 1,5-2 ТБ), а Ubuntu просто вычисляет процент, оставшийся в файловой системе (5-10%), и выдает предупреждение, потому что пространство исчерпано. На данный момент вы можете игнорировать сообщение (или попросить не показывать его снова). Невозможно «решить» его (я смотрю клавиши dconf, и предпочтения нигде не найдены, может быть, жестко закодированы).