Если я правильно помню, Nautilus переключился на использование базовых представлений данных (вместо фактического преобразования base-two), в соответствии с которым 1GB вместо 1,073,741,824 bytes равен 1,000,000,000 bytes.
Это не объясняет разницу между gparted и тем, что на самом деле является диском.