Создайте новый каталог, переместите остальные файлы в новый каталог, удалите старый и переименуйте новый в старое имя.
В веб-репозитории upubuntu.com нет пакета для проверки:
в командной строке, которую вы можете переключить с помощью
sudo apt-add-repository --remove ppa:upubuntu-com/web
sudo apt-get update
См. Upubuntu Launchpad dists
опубликован только natty, oneiric, exact и quantal