Просто измените конфигурацию BIOS, чтобы временно отключить UEFI. Сделайте свою работу по восстановлению - вернитесь назад и включите UEFI.
Вы можете использовать crontab для этого, но если вы используете sudo, для этого вам понадобится правило NOPASSWD в sudoers. (См. Как запустить задание cron с помощью команды sudo.)
Было бы проще отредактировать /etc/rc.local и добавить эти команды до строки exit 0.