Когда вы дойдете до этой корневой оболочки, введите fdisk -l, чтобы получить список дисков в системе, затем выполните fsck в / (используя его имя из списка, например /dev/sd5 раздел.
Чтобы принудительно проверить диск, используйте sudo fsck -f.
Единственная очевидная ошибка, которую я вижу, это
[Errno 13] Permission denied:
Это означает, что вы забыли запустить команду с помощью sudo. Измените команду на ...
sudo pip install ply