Если вы используете GTK Emacs, вы подвержены этой ошибке: https://bugzilla.gnome.org/show_bug.cgi?id=85715. В принципе, если ваш сервер X сбой, то и ваш Emacs, даже если он был запущен как демон. Это почти наверняка никогда не будет исправлено. Вот почему я использую GUI Lucid.