Хост Ubuntu. Windows XP VM. Доступ в Интернет для виртуальной машины через хост

Скорее всего, ваш apache не загружает конфигурацию части phpmyadmin.

Ссылка, сделанная с /etc/phpmyadmin/apache.conf до /etc/apache2/conf.d/phpmyadmin.conf, может быть недействительной после обновления. Сделайте эту ссылку еще раз, но обратите внимание, что имена могут быть разными. После этого перезапустите apache.