У вас работает Compiz, а ваши KNotes находятся в режиме Rich-Text? Режим KNotes Rich-Text заставляет KNotes изменять размер, что препятствует размещению Compiz KNotes. (или, по крайней мере, это то, что мне кажется)
Если вы оставите KNotes в режиме редактирования Rich-Text и выключите Compiz, The Knotes Shrink вертикально преобразует каждое изображение KNotes, но, по крайней мере, они сохраняют их положение по большей части.
Отключение режима Rich-Text в KNotes устраняет эти проблемы, но после каждого входа вы получаете обычный текст. (не выделены жирным шрифтом, курсивом, подчеркиванием, несколькими шрифтами и т. д.)