Как сделать естественную прокрутку во всех приложениях

Вы каким-то образом сохранили еще одно ключевое слово для этого действия. Чтобы вернуться к ключевым словам, выполните следующие действия:

gconftool --recursive-unset /apps/gnome_settings_daemon/keybindings
gconftool --recursive-unset /apps/metacity/global_keybindings
gconftool --recursive-unset /apps/metacity/window_keybindings