«Сохранить как» сохраняет текущий файл как заданное имя файла. Это может быть или не быть первой копией файла. В большинстве приложений этот путь становится активным файлом в приложении.
«Сохранить копию как» (и др.) Имеют тенденцию создавать другой файл (который может быть или не быть таким же, как указано выше), но выиграл 't изменить активный файл (если он существует), и вы все равно будете редактировать исходную копию.
TL; DR: «Сохранить как» изменит текущий открытый документ; «Сохранить копию», не будет.