Запуск «qemu -cpu qemu64 ...» (или других архитектур) не работал для меня (на Debian Sid / unstable). Я получил 64-битное изображение ISO для работы с «qemu-system-x86_64 ...»
Используете ли вы инструмент tweak для изменения своей темы? Попробуйте вернуться к теме по умолчанию. Я заметил ту же проблему, что и некоторые окна (например, gedit) не могли быть изменены. Как только я изменил тему GTK + на Adwaita (по умолчанию), все сработало правильно. Помните, я запускаю Gnome 3, поэтому ваш пробег может отличаться.