Каков наилучший способ установки Unity и KDE вместе?

Как насчет использования:

killall update-manager

В любом случае, я считаю, что вы должны отключить диспетчер обновлений при запуске и синаптических настройках (Конфигурация> репозитории> обновления> автоматически проверять обновления: никогда), так как я согласен, это действительно раздражает.

Конечно, вам НЕОБХОДИМО приобрести привычку делать ручное обновление вместо этого или даже планировать его с помощью какого-либо инструмента (например, cron). Чтобы обновляться, вы должны регулярно набирать:

sudo apt-get update && sudo apt-get dist-upgrade -y