Попробуйте использовать этот метод https://askubuntu.com/a/80016/240859, чтобы создать активатор запуска (вы можете переместить его в любом месте), но немного измените ~/.local/share/applications/opt_eclipse.desktop, чтобы он выглядел так: 0]
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=Eclipse
Comment=Eclipse Integrated Development Environment
Icon=<path to icon.xmp like /opt/eclipse/icon.xpm>
Exec=env UBUNTU_MENUPROXY=0 <path to eclipse like /opt/eclipse/eclipse>
Terminal=false
Categories=Development;IDE;Java;
StartupWMClass=Eclipse
Добавить часть env UBUNTU_MENUPROXY=0. Не забывайте изменять пути в значке и Exec.