Чтобы предотвратить удаление каталога, его родительский элемент должен быть недоступен для записи:
enzotib@host:~$ mkdir -p parent/child
enzotib@host:~$ chmod -w parent/
enzotib@host:~$ rmdir parent/child/
rmdir: failed to remove `parent/child/': Permission denied
enzotib@host:~$