Проверьте пакет nautilus-gksu. После установки и перезапуска сеанса (или просто nautilus) вы сможете щелкнуть правой кнопкой мыши по любому файлу / папке и выбрать «Открыть как администратор» и запросить пароль. Хорошо работает для открытия корневых окон nautilus, корневых архивных менеджеров, корневых текстовых редакторов ... вы получаете эту идею.