Плагин LaTeX создает скрытый файл .NAME.properties.xml (где NAME заменяется именем вашего .tex-файла) в той же папке, что и ваш .tex-файл. Этот файл содержит настройки для основного документа, и если он найден, плагин не запрашивает основной документ.
Пример файла выглядит так:
<?xml version="1.0" ?><properties><property key="MasterFilename" value="my_master_document.tex"/></properties>
Кажется, что нет способа переключения этого поведения.