Для этого вам нужно использовать что-то вроде suPHP. В дополнение к запуску каждого php-процесса VirtualHost в качестве другого пользователя - он позволяет вам иметь несколько файлов php.ini для VirtualHosts и каталогов (на основе флага .htaccess suPHP_Config)
Вы можете установить suPHP через aptitude: sudo apt-get install suphp-common libapache2-mod-suphp Одно из главных отличий заключается в том, что теперь вы можете настроить php для выполнения как пользователь - вместо того, чтобы иметь все скрипты php, исполняемые пользователем www-data - это само по себе обеспечивает много удобства и безопасности при размещении нескольких пользователей на одном сервере, поскольку он сокращает потребности в разрешениях 777 и 666 (на самом деле вам никогда не понадобится использовать 777 или 666 когда-либо снова - 755/644 всегда должно быть достаточным)
Пример виртуального хоста: [ ! d3]
<VirtualHost *:80>
...
DocumentRoot /home/marco/www/
suPHP_UserGroup marco marco
suPHP_Config /home/marco/etc/php.ini
...
</VirtualHost>
Вы также можете установить директиву suPHP_Config в файлах .htaccess - при условии, что вы правильно настроили AllowOverride.
Вам необходимо не только изменить права доступа к этой папке, но и изменить право собственности на нее. И до него chmod 000 - плохая идея, потому что она не позволяет ей вводить ее, вместо этого используйте 700. Просто посмотрите мой пример:
chmod 700 /path/folder
sudo chown -R root:root /path/folder
См. Здесь для получения дополнительной информации о разрешениях файла.