Поскольку я вручную обновлял Ubuntu MATE 16.04 с помощью apt update, обновляю, я также вручную перезагружаюсь с помощью этой команды sudo init 6
Как только я забыл sudo и это сработало; дальнейшее тестирование показало, что перезагрузка и выключение также работают без использования sudo.
Я тестировал это с помощью vanilla Ubuntu 14.04 и обнаружил, что sudo является обязательным.