Это известная проблема, которая усугубляется для клиентов за кэшами прокси. Некоторые крупные организации и интернет-провайдеры (особенно в отдаленных уголках мира) имеют прозрачные кеши, о которых вы, возможно, не знаете.
Основная проблема заключается в том, что формат apt-репозитория зависит от условий гонки, когда зеркало обновлено. Эта проблема особенно влияет на репозитории, которые быстро меняются, например, релиз разработки.
Вы можете отслеживать прогресс в исправлении для этого в этой ошибке (отметьте себя как «влияет на меня тоже» в ошибке), и это план. Но имейте в виду, что это сложная проблема и может потребовать более одного релиза.