Я предполагаю, что вы установили свой vm.swappiness в очень низкое значение, что заставляет ядро сменять слишком поздно, оставляя слишком низкую оперативную память для работы системы.
Вы можете покажите текущую настройку swappiness, выполнив:
sysctl vm.swappiness
По умолчанию это значение равно 60. Ubuntu Wiki рекомендует установить значение 10, но не стесняйтесь устанавливать его на более высокое значение. Вы можете изменить его, выполнив:
sudo sysctl vm.swappiness=10
Это изменит его только на текущий сеанс, чтобы сделать его постоянным, вам нужно добавить vm.swappiness = 10 в файл /etc/sysctl.conf.
Если ваш диск медленный, подумайте о покупке нового.