Случайно переместил Рабочий стол в никуда, и он исчез даже при перезапуске

Вот альтернатива, чтобы сравнить только имена файлов, а не их содержимое:

diff <(cd folder1 && find . | sort) <(cd folder2 && find . | sort)

Это простой способ перечислить недостающие файлы, но, конечно, он не будет обнаруживать файлы с одинаковыми имя, но различное содержимое!

(Лично я использую свой собственный скрипт diffdirs, но это часть большей библиотеки.)